Grundfarben
Zuchtbasis ist der Australian Shepherd, von dessen Farbvarietäten nur die Merkmale dreifarbig schwarz und dreifarbig braun für den Pfälzer Shepherd übernommen wurden.
Merle
Auf die Farben, die das normale Merle-Gen (M) hervorbringt, verzichtet das Zuchtprogramm des Pfälzer Shepherd, weil dieses Gen in heterozygoter Form mit Erkrankungen der Sinnesorgane (Auge, Gehör, Gleichgewicht) in Verbindung gebracht werden kann, in homozygoter Form Depigmentierung der Haut, Erblindungen, Taubheit und Einschränkungen des Gleichgewichtes bewirkt.
Zugelassen sind beim Pfälzer Shepherd das
Dilute
Im Gegensatz zum Australian Shepherd ist der Farbverdünnungsfaktor (Dilute d) erlaubt. Liegt der Faktor in homozygoter Form vor (d/d), erscheint die Fellfarbe aufgehellt auf Grundfarbe schwarz = stahlblau, auf Grundfarbe braun = bronce
Diese Farben sind in vielen Hunderassen verbreitet (z.B. Doggen, Border Collie), beim Weimaraner ist die Farbe sogar Rassemerkmal.
In einigen Zuchtlinien ist der Farbverdünnungsfaktor mit einer Hautveränderung assoziiert (CDA - Color Dilution Alopezie = farbverdünnungsbedingte Haarlosigkeit). Deshalb werden beim Zuchteinsatz silbener oder goldfarbener Australian Shepherd spezielle Maßnahmen ergriffen, um die Etablierung und Ausbreitung von CDA auszuschließen:
Hierzu ein Auszug aus der Korrespondenz mit Prof. Dr. Tosso Leeb
".... habe genau wie Sie den Eindruck, dass die allermeisten Fälle und insbesondere die schweren Fälle von CDA im Alter von unter 2 Jahren beginnen. Allerdings gibt es auch seltener Fälle von CDA, die erst später im Leben beginnen. Der variable Zeitpunkt des Krankheitsbeginns ist einer der Gründe, warum unsere Forschung zur CDA so schwierig ist."
Der Pfälzer Shepherd ist immer dreifarbig (weiße und kupferfarbene Abzeichen) auf den Grundfarben Schwarz, Braun, Silber, Gold, Stahl, Bronce
Farbgenetik
Um größtmögliche Transparenz der Farb- Anlage und Vererbungsmodalitäten zu bieten, wird die Abstammungskarte der Zuchttiere wie der Nachkommen mit der Farb-Gen-Formel versehen:
Die Grundfarbe Schwarz (B black) ist dominant und kommt vor als B/B rein schwarz und B/b phänotypisch schwarz mit Faktor braun
Die Grundfarbe Braun ist eine autosomal-rezessive Abwandlung (Farbzellenverdünnung) von Schwarz und erscheint nur in homozygoter Form (d/d) als braun.
Das Farbverdünnungsgen Dilute kommt vor als Wildtierform (D = keine Farbverdünnung) und autosomal-rezessiv d = farbverdünnt und bildet nur in homozygoter Form (d/d) die Farbverdünnung aus.